Das Plenum ist das wichtigste Entscheidungsgremium des Bündnisses. Zwei Mal jährlich kommen Vertreter*innen aller Bündnismitglieder zusammen, um sich über aktuelle Fragen auszutauschen und über zukünftige Fragestellungen des Themenfelds zu sprechen. Alle wichtigen Entscheidungen zur Arbeit des Bündnisses werden im Plenum gefällt.

Zwischen den Plenarsitzungen bestimmt der Geschäftsführende Ausschuss (GA) die Weiterentwicklung des Bündnisses. Die Sitzungen finden fünf Mal pro Jahr statt. Dem GA gehören maximal zwölf Personen an, die die Gründungs-Organisationen vertreten, zu den wichtigsten finanziellen Unterstützern des Bündnisses gehören oder für die aktuellen Schwerpunktsetzungen zuständig sind. Die Zusammensetzung soll möglichst viertelparitätisch die Religionsgemeinschaften, die Zivilgesellschaft, Staat und Kommunen sowie die lokalen Akteure aus der Geschäftsstelle in Oberfranken repräsentieren.

Die Mitarbeiter der Geschäftsstelle setzen die Beschlüsse des Plenums um, führen das Tagesgeschäft des Bündnisses und sind für die Planung und Durchführung der jährlichen Großaktionen im Rahmen des jeweiligen Jahresschwerpunktthemas zuständig.